埋め込みオブジェクト配列をフィルタリングするJavaScript配列

scenarios をフィルタリングする必要があると思います  配列と contacts  両方を配列します。 resourceId === "001" と少なくとも1つの連絡先があるシナリオを取得する場合  次のことができます。

let data = [
  {
    "app": "mail",
    "scenarios": [
      {
        "name": "",
        "description": "plugin 1",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "001",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      },
      {
        "name": "app2",
        "description": "plugin 2",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "002",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      }
    ]
  },
  {
    "app": "mail2",
    "scenarios": [
      {
        "name": "app1",
        "description": "plugin 1",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "001",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      },
      {
        "name": "app2",
        "description": "plugin 2",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "002",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      }
    ]
  }
];
 
for(let item of data) {
   item.scenarios = item.scenarios.filter(value => {
      let validContacts = value.contacts.filter(contact => {
         return contact.resourceId === "001";
      })
      return validContacts.length > 0;
   })
}
console.log(data);

var data = [
  {
    "app": "mail",
    "scenarios": [
      {
        "name": "",
        "description": "plugin 1",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "001",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      },
      {
        "name": "app2",
        "description": "plugin 2",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "002",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      }
    ]
  },
  {
    "app": "mail2",
    "scenarios": [
      {
        "name": "app1",
        "description": "plugin 1",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "001",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      },
      {
        "name": "app2",
        "description": "plugin 2",
        "contacts": [
          {
            "resourceId": "002",
            "isPrimary": false
          }
        ]
      }
    ]
  }
];
data.forEach(dat => {
 dat.scenarios = dat.scenarios.find(da => da.contacts.find(x=>x.resourceId === "001"));
});
console.log(data)

あなたが探しているものに適合するかどうかを確認するためにコードを調べることができます。どの contacts  配列には要素が1つしかありません。それ以外の場合は教えてください